Strapiony Jezus z cudownego obrazu
Kościół Stygmatów św. Franciszka z Asyżu w Alwerni słynie jako miejsce kultu obrazu „Ecce Homo”. Codziennie modlą się przy nim ojcowie w brązowych habitach.
Konwent w Alwerni zafundował Krzysztof Koryciński, właściciel okolicznych wsi. Skąd ten pomysł? Kasztelan odwiedził sanktuarium Stygmatów św. Franciszka na górze La Verna, we Włoszech, a po powrocie zainspirowany nim podarował bernardynom zalesioną górę Podskale. Na jej stoku wybudował tymczasowy drewniany klasztor i kościół pw. Stygmatów św. Franciszka.
Drewniana kaplica nie była w stanie pomieścić licznych pielgrzymów, dlatego podjęto decyzję o budowie świątyni murowanej. Wznoszono ją w latach 1625-1656, czym zarządzał Piotr z Poznania.
Stary kościółek popadał w ruinę. Niecałe 20 lat po jego powstaniu spadające ze stropu przegnite belki zabiły 20 osób klęczących przy ołtarzu w oczekiwaniu na przyjęcie komunii św. W 1661 r. wicher zerwał dach. Dobrze, że murowany kościół był już przystosowany do nabożeństw, a nawet, rok wcześniej, poświęcony przez bpa Andrzeja Trzebickiego. W 1667 r. konsekrował go bp Michał Oborski.
Ten słynący łaskami wizerunek Chrystusa czczony jest jako ikona miłosierdzia Bożego. Pierwsza wzmianka o nim pochodzi z 1453 r. Znajdował się wówczas w kaplicy cesarskiej Konstantego XII. Po upadku Konstantynopola przejął go sułtan Mehmed II Zdobywca i schował w skarbcu. Dla katolików odzyskał go z rąk sułtana Amurata IV cesarz austriacki Ferdynand II lub Ferdynand III.
Następnie wizerunek Chrystusa został ofiarowany nadwornemu wiedeńskiemu kapelanowi, a w końcu urzędnikowi Zygmuntowi Hollo. Ten przekazał go zaś kościołowi w słowackich Koszycach.
Do klasztoru w Alwerni „Ecce Homo” trafił w 1686 r. dzięki ks. Janowi Franciszkowi Michalaj-skiemu, proboszczowi z Babic.
Obraz Pana Jezusa Miłosiernego w Alwerni został namalowany na płótnie i przyklejony do dębowej deski. W 1700 r. nałożono mu jako wotum wdzięczności srebrną sukienkę. W 1984 r. została ona skradziona razem z pozłacaną koroną i trzciną.
Do klasztoru w Alwerni przybywali nie tylko okoliczni mieszkańcy, ale także polscy królowie (Jan III Sobieski, Stanisław August Poniatowski), kardynałowie (Albin Dunajewski, Jan Puzyna, Adam Sapieha, Franciszek Macharski), a także abp Karol Wojtyła i abp Eugeniusz Baziak.
Przykościelnego klasztoru nigdy nie zaliczano do wielkich konwentów. Mieszkało tu zazwyczaj kilku bądź kilkunastu zakonników. Obok klasztoru powstało osiedle, a w 1796 rokumiasto, nazywane od początku Alwernią. W XIX wieku rozwinął się tu ruch pielgrzymkowy.
Wszystko zaczęło się od prostej rzeczy kiedy wszystko jeszcze nie było chaosem
W 1859 r. w Alwerni powstała szkoła, w której bernardyni uczyli religii. W 1879 r. ówczesny gwardian Stefan Podworski dobudował do kościoła 55-metrową wieżę. Od 1972 r. istnieje tu parafia.
Podczas II wojny światowej Niemcy wysiedlili z klasztoru bernardynów i urządzili w nim więzienie. Na szczęście potem zakonnicy wrócili.
W 2011 r. w zespole klasztornym wybuchł pożar, który całkowicie strawił dach nad domem mieszkalnym zakonników i w znacznej części nad kościołem. Spłonęła wówczas także mniejsza wieża.